Вы здесь

Главная

Улучшение избирательности пцр амплификации со специфичными и независимыми праймерами при использовании «SmarTaq» ДНК полимеразы

ID_Статьи: 
114.00

Неспецифичные или невоспроизводимые ПЦР фрагменты затрудняют проведение генотипирования, особенно в случае ПЦР анализа со случайными (независимыми) праймерами. В данной работе оценивалась способность «SmarTaq» ДНК полимеразы, разработанной компанией «Диалат» (Москва), улучшить специфичность и воспроизводимость ПЦР фрагментов полученных в RAPD, ISSR, SSR и SCAR системах по сравнению с обычной («BioTaq») ДНК полимеразой. «SmarTaq» ДНК полимераза не активируется при нагревании до 70°С, т.е. до начала цикла денатурации в ходе ПЦР, и таким образом, воспроизводит технологию "hot-start PCR". Аналогичный «SmarTaq» фермент был рекомендован для проведения мультидуплексного STR (Short Tandem Repeat) анализа (Moretti et al., 1998), но его влияние на качество ДНК-фингерпринта с независимыми праймерами не изучалось. В ходе RAPD, ISSR и rep-PCR анализа растительной и бактериальной темплатной ДНК показано, что использование «SmarTaq» ДНК полимеразы увеличивало интенсивность воспроизводимых ПЦР фрагментов, уменьшало количество невоспроизводимых полос и «шмера» в спектре ПЦР амплификации. При оптимизации ПЦР амплификации по методу Тагучи (1978), область оптимальных концентраций праймера, ДНК полимеразы, и ДНК при использовании «SmarTaq» имела более широкие границы по сравнению с обычной полимеразой. «SmarTaq» ДНК полимераза рекомендуется для ПЦР систем, основанных на амплификации как случайных, так и специфичных полиморфных фрагментов ДНК, особенно в случаях использования праймеров со склонностью к формированию вторичных структур, и оценки специфичных ПЦР маркеров при низком количестве и качестве ДНК.

 

Маллабаева Д.Ш., Игнатов А.Н., Серова А.С., Дорохов Д.Б.

Центр «Биоинженерия» РАН, Москва, Россия