Вы здесь

Главная

Стратегия поиска и локализации генов в геномах млекопитающих с использованием NotI-STS-маркеров

ID_Статьи: 
134.00

Сайты рестрикции эндонуклеазы NotI (5'-GCGGCCGC-3') расположены в CpG-островках, которые ассоциированы с б'-нетранслируемыми областями ге­нов. Можно предположить, что STS-маркеры созданные на основе МэЛ-сайтов могут являться универсальными маркерами генов.

Ранее на основе нуклеотидных последовательностей NotI-клонов хромосо­мы 3 человека были созданы 60 NotI-STS-маркеров. Эти маркеры использовали для построения NotI-карты хромосомы 3 человека методом PCR-скрининга па­нели радиационных гибридов GeneBridge4. Проведен поиск их гомологии с последовательностями ДНК, представленными в базах данных GenBank, TIGR, EMBL и HTGS. Для поиска гомологии использовали последовательности, флан­кирующие NotI-сайты (1000 п.н. с каждой стороны). Выявлен высокий уровень гомологии для 55 из 60 NotI-STS-маркеров с генами и EST человека. Показано, что уровень насыщения хромосомы 3 человека генами коррелирует с уровнем насыщения NotI-STS-маркерами. Определена локализация на хромосоме 3 девя­ти генов (или их гомологов) ~ два из них не были локализованы и для семи других генов, ранее локализованных на других хромосомах, впервые показано наличие гомологов на хромосоме 3. Таким образом, эффективность применения NotI-STS-MapKepoB для поиска и локализации новых генов, генов-гомологов и псевдогенов в геноме человека.

Поскольку NotI-STS-MapKepbi носят универсальный характер, аналогичная стратегия может быть эффективно использована для поиска и локализации ге­нов у видов млекопитающих, геномы которых еще не секвенированы.

 

Рахманалиев Э.Р.. Климов Е.А., Мойсяк Е.В., Компанийцев А.А., Сулимова Г.Е.

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Москва