Вы здесь

Главная

Сравнительный анализ генов цитоплазматических тирозил-тРНК синтетаз высших эукариот

ID_Статьи: 
110.00

Методами биологии in silico проведен сравнительный анализ генов цитоп-лазматических тирозил-тРНК синтетаз (TyrRS) четырех эукариотических орга­низмов: человека, мыши, Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans. Об­наружено, что гены TyrRS дрозофилы и нематоды фланкированы генами бел­ков аппарата трансляции (метионил-, глутамил-тРНК синтетазы и фактора элон­гации eEF-2), а у ортологов генов TyrRS млекопитающих некоторые экзон-инт-ронные границы совпадают с границами белковых доменов. Анализ организа­ции промоторной области и ассоциированных с матриксом регионов (S/MARs) проведен для генов TyrRS мыши и человека. Анализировали последовательнос­ти длиной 1400 п.о., включающие также 300 п.о. после обнаруженной точки начала транскрипции. Эти последовательности имеют Высокое (более 7%) со­держание динуклеотидов CpG и расположены в пределах CpG островков. Для поиска промоторов использовали семь программ, и перекрывание не менее че­тырех предсказаний рассматривали в дальнейшем анализе, Предсказанные ТАГАА-, ССААТ- и GC-боксы не имели типичной локализации и ориентации, что как и CpG островки характерно для промоторов генов домашнего хозяйства позвоночных. При сравнении выравнивания последовательностей генов TyrRS человека и мыши с результатами компьютерного предсказания была выделена вероятная промоторная область длиной 178 п.о. В пределах этой области найде­ны четыре потенциальных сайта связывания транскрипционных факторов (Spl, growth factor independence 1 zinc finger protein, nuclear factor Y, AREB6), совпада­ющих по положению и локализации в промоторах человека и мыши. Сайт Spl присутствует в трех и четырех копиях соответственно. S/MARs, локализован­ные программой Genomatix SMARTest в ортологах гена TyrRS млекопитающих, не перекрываются с изучаемыми последовательностями, что соответствует кон­цепции организации хроматиновых локусов.

 

Назаренко М.М., Одынец К.А., Корнелюк А.И.

Институт молекулярной биологии и генетики НАНУ, Киев (Украина)