Вы здесь

Главная

Сравнительная характеристика методов RAPD и semi-RAPD для молекулярного картирования растительных геномов

ID_Статьи: 
118.00

Построение генетических карт является важной, проблемой как в фундаментальной генетике, так и в прикладных отраслях биологической науки. В последние годы список маркеров для картирования был заметно увеличен, благодаря привлечению молекулярных маркеров (ММ).. ММ основанные на применении ПЦР являются одними из наиболее активно используемых в силу простоты и дешевизны метода. К ним относятся: RAPD и менее распространенным на данный момент метод semi-RAPD, основанный на использовании праймеров, содержащих консервативную и случайную части. Данная работа посвящена сравнению двух указанных методов по количеству генерируемых ими ММ и доле полиморфных маркеров среди них.

В качестве материала использованы инбредные линии редиса Raphanus sativus генетической коллекции Би НИИ СПбТУ и сорта картофеля Solarium tuberosum. ПЦР проводили по стандартной методике. Для RAPD анализа использовано 10 случайных Ю-членных праймеров и 10 двупраймерных комбинаций. Semi-RAPD анализ был проведен в двух вариантах: с использованием 12-ти и 15-ти членных праймеров. Для каждого варианта использовано по 10 праймеров и 10 двупраймерных комбинаций. Температура отжига праймеров составила 37 и 46 °С соответственно. Оценивали среднее количество продуктов на реакцию каждого типа и среднюю долю полиморфных ММ. Для линий редиса показано, что среднее количество ММ на ПЦР-реакцию не отличалось для всех вариантов 10 и 12 членных праймеров и составило 3,45 (из них 16% полиморфны). Для 15-членных праймеров оно было выше и составило 4,85 (из них 30% полиморфны). Сходные тенденции отмечены для картофеля. Таким образом, длинные полуслучайные праймеры показали себя наилучшим образом для молекулярного картирования.

 

Матвеева Т.В., Богомаз Д.И., Лутова Л.А.

Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, (Россия)