Вы здесь

Главная

Программный продукт для количественного сравнения сложных ДНК-фингерпринтов

ID_Статьи: 
28.00

Эффективное использование различных вариантов технологиии ДНК-фингер-принтинга требует адекватного программного обеспечения на этапе сравнительного анализа сложных наборов продуктов амплификации или паттернов гибридизации. Коммерческие лицензионные программы, будучи относительно сложными и универсальными, зачастую недоступны для отечественных лабораторий по причине высокой стоимости. Поэтому остается актуальной задача создания относительно простых программных продуктов, доступных для многих исследователей и ориентированных на решение конкретных задач. В сообщении предлагается описание программы для сравнения спектров микросателлит-ассоциированных последовательностей генома эукариот, амплифицированных в PCR со «случайным праймером» (AP-PCR). Программа создана в среде Delphi (язык Object Pascal), является технически независимой разработкой, учитывающей ранее сформулированные требования (Сирота и др., 2001. Генетика, 36, 570-74) и функционирует под управлением Windows. Программой обрабатываются файлы пошаговой оцифровки (утилитой WinDig2.5) изображений отдельных дорожек электрофоретического разделения фрагментов ДНК в координатах (X,Y), где X -Rf каждой полосы, a Y - величина, пропорциональная интенсивности этой полосы. Обеспечивается возможность количественного сравнения двух цифровых рядов как на сходство, так на различие составляющих компонентов. Продемонстрировано успешное применение программы для сравнительного анализа частоты «неродительских полос», как параметра количественной оценки: микросателлитного полиморфизма в геноме соматических клеток потомства F1-поколения от самцов мышей, подвергавшихся воздействию ионизирующей радиации в дозах 0,5 и 2,0 Гр.

 

Скосырев B.C.1, Васильева Г.В.2, Безлепкин В.Г.2

1 Филиал института биоорганической химии РАН, Пущино

2 Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино