Вы здесь

Главная

Поиск и функциональный анализ тРНК-подобных последовательностей

ID_Статьи: 
71.00

Транспортные РНК (тРНК) являются древними генетическими структурами, которые играют важную функциональную и структурную роль в геномах всех организмов. Так, например, тРНК-подобные последовательности являются структурным элементами SINE-повторов в геномах высших эукариот.

Целью данной работы является определение степени распространения тРНК-подобных последовательностей, в том числе сильно дивергированных, в геномах различных организмов. В работе использовался оригинальный метод, аналогичный методам профильного анализа. Для построения исходного профиля последовательности тРНК были получены из базы данных Лаборатории Биохимии Университета Байрут, Германия. Сканирование профилей проводилось по последовательностям геномов одной из последних версий GenBank.

Для обнаружения сильно дивергированных копий тРНК был применен оригинальный метод поиска расширенного подобия последовательностей с помощью построения наилучшего выравнивания по позиционно-специфичной матрице (профилю). Используемый метод позволяет найти все последовательности, подобные данному шаблону, которые могут содержать множественные вставки/делеции, и оценить статистическую значимость найденного подобия.

Результаты анализа генетических последовательностей данным алгоритмом были сопоставлены с имеющимися функциональными описаниями последовательностей из GenBank. Из рассмотрения были исключены случаи нахождения тРНК-подобных последовательностей в SINE-повторах и генах тРНК. Около половины всех найденных тРНК-подобных последовательностей приходятся на неописанные ранее области геномов. Функциональное и эволюционное значение таких последовательностей составляет предмет дальнейшего изучения. Значительное количество тРНК-подобных последовательностей также обнаружено и в кодирующих областях генов. Представляет интерес их присутствие в некоторых промоторных районах.

 

Френкель Ф.Е., Чалей М.Б., Коротков Е.В.

Центр «Биоинженерия» РАН, Москва