Вы здесь

Главная

Особенности электронной структуры спиральной конформации коротких пептидов

ID_Статьи: 
31.00

Целью наших исследований является изучение физических особенностей энергетики и пространственной компактизации всех одиночных L-аминокислот и относительно небольших аминокислотных последовательностей.

В данной работе, на базе квантово-химического РМЗ-расчета анализируется влияние электронной структуры бокового радикала аминокислоты, а также изомерной формы аминокислоты в целом, на специфику их колебательно-вращательных и термодинамических характеристик. Теоретически проанализирована пространственная организация некоторых простейших последовательностей ди- и трипептидов. Проведена оценка общих структурных параметров "сворачивания" коротких аминокислотных последовательностей.

Для эффективной оценки степени компактизации найденных устойчивых конформации использовался интегральный и весьма чувствительный параметр - величина инерциального дефекта молекулы, D'.

Показано, что:

- аминокислоты, боковые радикалы которых потенциально могут являться донорами или акцепторами электрона (кислые и основные аминокислоты) характеризуются большими значения теплот образования;

- степень термодинамической стабильности отдельных конформации аминокислот и пептидов в значительной мере определяется энтропийным фактором;

- граница низкочастотного спектра нормальных колебаний газофазных форм всех аминокислот начинается с далекой инфракрасной области спектра (20-50 см1);

- процесс компактизации трипептидов происходит через "спирализацию" конформации аминокислотной последовательности. Важнейшую роль, при этом, играет потенциальная торсионная лабильность пептидных групп.

 

Кондратьев М.С., Кабанов А.В., Комаров В.М.

Институт биофизики клетки РАН, Пущино (Россия)