Вы здесь

Главная

Оценка скорости трансляции генов Е.соli и некоторых вирусов по частоте использования кодонов

ID_Статьи: 
77.00

Проблема определения скорости трансляции (СТ) гена по используемым кодонам остается во многом не решенной и мы попытались прояснить ее следующим образом. Кодоны медленно транслируемых (1-я группа) и быстро транслируемых (2-я группа) генов Е. coli были разделены на 2 части на основе тенденции увеличения (1-я часть - 27 кодонов) от 1-й к 2-й группе и уменьшения (2-я часть - 34 кодона) их частоты. Частоты кодонов в гене выражали на 1000 н.. Для гена рассчитывали отклонения частот использования кодонов от средних частот этих же кодонов для всего генома Е. coli (U00096) соответственно для 1-й и 2-й частей кодонов. Суммарное отклонение частот использования кодонов (СОЧИК) вычисляли для гена нормированного на 1000 н.. На основе такого подхода для генов, имеющих положительную величину СОЧИК, характерна повышенная СТ по сравнению со СТ для «среднего гена» генома E.coli, а для генов с отрицательной величиной СОЧИК -пониженная СТ. Величина СОЧИК для генов 1-й группы {Ы454, Ъ1626, pgpA, pgpB, res A, yhjB, yigK, yjhC, yjhU, yphA) изменялась от -201 до -368, и для генов 2-й группы (торА, отрА, отрС, rplA, rplC, rplD, rpoC, rpsA,rpsB, rpsC, rpsL, yfiD) - от 502 до 668. С помощью такой оценки СТ генов мы рассчитали СОЧИК для генов фага 1 (J02459). Величина СОЧИК для генов D, Е и N-2 составляла 228,160, 188, для генов F-l, F-2, Т, М изменялась от ~110 до -145, и для остальных генов варьировала от -95 до 79. Медленно транслируемые гены c-s30, fun(z)4, ое/204, old-s41, офГ1, tin-sAO фага Р2 (AF063097) имели величину СОЧИК равную соответственно -267, -374, -247, -201, -218, -258, у быстро транслируемых генов o-s2, f~s21, m-s4, m-s3, orfS24, p-sl величины СОЧИК равнялись 167,152,152,192,161,162. Для генов env-s5,nef-s6, ref-s3, tat-s2, vif-sO, vpr-s, vpn-s4 вируса имуннодефицита человека (AY008717) величины СОЧИК соответственно равнялись: -411, -262, -361, -265, -452, -448, -411. Приведенная выше оценка СТ генов удовлетворительно соответствует литературным данным, однако необходима ее проверка на бесклеточной системе синтеза бежа.

 

Иващенко Т.А., Ермагамбетов A.M., Крамскова Ж.Б.

Казахский национальный университет им.аль-Фараби, Алматы (Казахстан).