Вы здесь

Главная

Образование внутримолекулярного триплекса ДНК, наблюдаемое по флуоресценции 2-аминопурина и 6MI-птеридина, включенных в третью нить

ID_Статьи: 
24.00

Параллельный (рекомбинантный) "R-триплекс" может образовываться из любых нуклеотидных последо­вательностей с двумя параллельно ориентированными одинаковыми нитями ДНК. Мы показали, что флуоресцирующие аналоги оснований, 2-аминопурин (2АР) и 6М1-птеридин (6MI), могут использоваться как структурные зонды для наблюдения образования R-триплекса и изучения термодинамических параметров структуры. Были изучены олигонуклеотиды, способные сворачиваться в трехнитевую структуру с двумя идентичными нитями в параллельной ориентации. В третьей нити R-триплекса и в контрольных олигонуклеотидах, образующих двухнитевую (ds) и однонитевую (ss) структуры, один аденин или гуанин был заменен на 2АР или 6MI. Образование 2АР*(ТА) и 6MI*(CG) триплетов наблюдалось по изменению интенсивности флуоресценции этих аналогов и кривым тепловой денатурации, проанализированными в модели двух состояний. Флуоресценция 2АР, включенного в олигонуклеотиды, не способные образовывать трехнитевую структуру, служила четким отрицательным контролем.

Мы обнаружили замечательное совпадение термодинамических параметров образования триплекса, полученных из температурной зависимости поглощения всех оснований в 260 нм, и параметров образования 2АР*(Т-А), полученных из температурной зависимости интенсивности флуоресценции 2АР. Такое совпадение позволяет предположить, что флуоресценцию аналогов оснований 2АР и 6MI можно использовать для наблюдения образования триплекса и изучения его тенрмодинамики. Важно, что включение репортерного флуоресцирующего основания в третью нить внутримолекулярного триплекса впервые позволяет убедительно разделить отделение третьей нити от дуплексной части триплекса от плавления собственно дуплексной части.

 

Калюжный Д.Н.1, Борисова О.Ф.1, Хокинс М.Е.3, Джерниган Р.Л.3, Джовин Т.М.2, Арндт-Джовин Д.Дж.2, Журкин В.Б.3, Щелкина А.К.1

1 Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта, Москва (Россия)

2 Department of Molecular Biology, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Goettingen (Germany)

3 National Cancer Institute, NIH, Bethesda (USA)