Вы здесь

Главная

Моделирование пространственной структуры NH2-кoнцевого каталитического модуля эукариотической тирозил-тРНК синтетазы

ID_Статьи: 
161.00

2-концевой каталитический модуль (N-модуль) тирозил-тРНК синтетаз (TyrRS) состоит из двух доменов - свертки Россмана и а-спирального домена (аСД), обеспечивающих активность фермента. Для построения модели 3D струк­туры доменов N-модуля использовали методы моделирования по гомологии и метод «протягивания нити» (threading). В качестве матрицы для построения пространственной структуры свертки Россмана использовали эксперименталь­но установленную структуру TyrRS Staphylococcus aureus (PDB код 1JII). В случае аСД в качестве матрицы использовали структуру цитохрома с550 Paracoccus denitrifleans (PDB код 155C), найденного с помощью серверов LLOOP и UCLA-DOE. Для моделирования структуры обоих доменов и полного N-модуля использовали пакеты HyperChem 6.01 (силовое поле ММ+, алгоритм Pollack-Ribiere) и Modeller 4.0. Полученную модель N-модуля использовали для изучения взаимодействия TyrRS с тРНК методами ригидного докинга с приме­нением программы HEX 2.4. Для выявления консервативных аминокислотных остатков было проведено множественное выравнивание последовательностей TyrRS из разных организмов с помощью пакетов Clustal W и Multalin. По ре­зультатам выравнивания в составе свертки Россмана консервативными остат­ками являются G41, Н49, Y166, Р167, Q170, D173, G185 и Q188, которые вовлечены в формирование активного центра TyrRS. Высокую степень консервативности в составе аСД имеют остатки А248, С250, N258, К282, G285 и К310. Область гомоло­гии в составе аСД начинается с лизии-богатого кластера 241VKKKLKK247, содер­жащего консервативный остаток К244. В полученной нами структуре этот кла­стер образует структурную впадину, которая является возможным участком связывания тРНК.

 

Соломенко Д.В.1, Палагина А.С.1, Базилевский А.Е.2, Одынец К.А.1, Корнелюк А.И.1

1 Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев (Украина)

2 Киевский национальный университет им. Т. Шевченко, Киев (Украина)