Вы здесь

Главная

Моделирование пространственной структуры цитоплазматического домена рецептора CD150

ID_Статьи: 
22.00

CD150 - поверхностный рецептор Т-, В- и дендритных клеток, через который поступают как активирующие так и ингибирующие сигналы. Цитоплаз-матический домен CD150 содержит три ITSM-мотива, являющихся сайтами связывания SН2-содержащих белков. Существует также короткая (truncated) форма, содержащая единственный ITSM-мотив. Мы использовали методы компьютерного моделирования для изучения третичной структуры CD150, его взаимодействия с $Н2-содержащиими молекулами - компонентами сигнальных каскадов и роли ITSM-мотивов в функционировании CD150. Для моделирования третичной структуры CD150 нами был применен метод «протягивания нити» (threading) ТНОМ2. На основании высокого Z-критерия и низкой суммарной потенциальной энергии были отобраны две структуры (PDB ID - 2gn5 и 2ctx). Для моделирования короткой формы была отобрана матрица 2gn5. Согласно модели, построенной на матрице 2gn5, цитоплазматический домен CD150 относится к типу укладки OB-fold и содержит 4 антипараллельных в-складки, образующих в-слой. Структура, построенная на основе матрицы 2ctx имеет CD59-подобную укладку. Обе структуры относятся к классу «mainly beta» по класси­фикации САТН. Короткая форма содержит в-слой, состоящий из двух антипарал­лельных в-складок. Структурные модели цитоплазматического домена CD150 послужили основой для дальнейшего изучения взаимодействия CD150 с SH2-содержащими молекулами. Исходя из полученных результатов, представляется вероятным присоединение SН2-содержащей тирозин-фосфатазы SHP-2 к ITSM-мотивам с помощью только одного N-концевого SН2-домена. Поскольку пред-скаанное на основе моделей расстояние между мотивами составляет не более 20 Е, а расстояние между N- и С-концевыми SН2-доменами SHP-2 составляет 40 Е, то согласно предложенным моделям, одновременное связывание двух SH2-доменов SHP-2 не представляется возможным.

 

Палагина А.С., Акимов Ю.Н., Сидоренко С.П.

Институт экспериментальной патологии, онкологии и радиобиологии им. Р.Е. Кавецкого НАНУ, Киев (Украина)