Вы здесь

Главная

Компьютерное моделирование структуры С-концевого цитокин-подобного модуля тирозил-тРНК синтетазы

ID_Статьи: 
120.00

Цитоплазматическая тирозил-тРНК синтетаза (TyrRS) высших эукариот (бык, Bos taurus) катализирует присоединение L-тирозина к гомологичной тРНКТуг. Показано, что СООН-концевой модуль TyrRS млекопитающих (С-модуль, остатки V363-S528, 166 а.о.) обладает сродством к молекулам тРНК, а также выполняет неканоническую функцию - обладает цитокин-подобными свойствами после протеолитического расщепления TyrRS. Для определения 3D структуры С-моду­ля был применен метод моделирования по гомологии с использованием про­грамм Modeller 4, HyperChem 6.01 и сервера Swiss-Model. В качестве белка-матрицы использовали структуру гомологичного белка EMAP II (52,7% гомоло­гии, координатные файлы в базе данных PDB - 1EUJ, 1F70, 1E7Z). Построен­ную модель С-модуля исследовали с помощью ряда анализаторов (Swiss-PDB Viewer, Whatlf и др.). Также была построена модель тРНК без модифицирован­ных нуклеотидов и проведен ее докинг с С-модулем с помощью программы 3D-Dock 2.0. Алгоритм программы основан на максимизации площади взаимодей­ствия поверхностей молекул и учитывает энергетические характеристики ком­плексов. Для «фильтрования» вариантов взаимодействия С-модуль:тРНК ис­пользовали данные о поверхностях взаимодействия гомологичных OB fold доме­нов других белков с нуклеиновыми кислотами. Полученные результаты согла­суются с экспериментальными данными по экранированию С-модулем, нуклео­тидов D-петли и акцепторного стебля тРНК от нуклеазного расщепления. Про­ведена симуляция молекулярной динамики С-модуля и его комплекса с тРНК в водном окружении с помощью программы Gromacs 3.0.5 на 18-процессорном кластере на базе Intel Pentium III 933 MHz. Предполагается существенная роль конформационной динамики тРНК-связывающего центра в функциональной адаптации С-модуля и тРНК в процессе белково-нуклеинового узнавания.

 

Ольховский О.В., Коваленко А.А., Рудич А.Е.1, Базилевский А.Е.1, Подгорный Р.И.1, Одынец К.А.2, Белов Ю.А.1, Корнелюк А.И.2

1 Киевский национальный университет им. Т. Шевченко, Киев (Украина)

2 Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев (Украина)