Вы здесь

Главная

Исследование взаимодействия полиаминов с ядерным фактором транскрипции NF-kappab методами компьютерного моделирования

ID_Статьи: 
4.00

Методами компьютерного моделирования было изучено взаимодействие по­лиаминов с ядерным фактором транскрипции NF-kappaB, а также с комплек­сом NF-карраВ*ДНК. Была показана возможность регуляции взаимодействия NF-kappaB со специфической последовательностью ДНК, путем связывания по­лиаминов с р50-субъединицей NF-kappaB. Обнаружен потенциальный сайт свя­зывания полиаминов с субъединицей р50. Исследование области контактов лиганда (полиамин) и аминокислот сайта связывания показало, что такой комп­лекс может возникать за счет образования водородных связей с Ser297, Asp298, Serl70, Asp298, Arg295 и Ван-дер-ваальсовых взаимодействий с Туг200.

Был смоделирован процесс диссоциации полиаминов от комплекса р50*ДНК. Рассчитаны константы диссоциации для спермина, спермидина и путресцина. Проведена симуляция конформационного перехода системы ДНК*(р50)2 к систе­ме ДНК*р50 + р50. Также расчитаны константы диссоциации комплекса р50*ДНК в присутствии и отсутствии полиамина в сайте связывания. Было показано, что наличие полиамина способствует стабилизации междоменного интерфейса бел­ка р50, благодаря возникновению дополнительных электростатических взаимо­действий и водородных связей. Получены результаты, подтверждающие предпо­ложение, что полиамины уменьшают вероятность спонтанной диссоциации комп­лекса р50*ДНК.

 

Александрова Н.А., Яковенко А.Я.2, Залеток С.П.1

1 Институт экспериментальной патологии, онкологии и радиобиологии им. Р.Е. Кавецкого НАН Украины, Киев (Украина)

2 Киевский национальный университет им. Т. Шевченко, Киев (Украина)