Вы здесь

Главная

Исследование роли эндогенных ретровирусов человека в геномной нестабильности при эволюции раковых клеток

ID_Статьи: 
41.00

Образование и развитие опухолей - сложный и многостадийный процесс, одним из важнейших элементов которого является возникновение на той или иной стадии нестабильности генома опухолевых клеток. Мы выдвинули гипотезу, что существенным фактором нестабильности может быть функциональная активность ретроэлементов и, в частности, HERV/LTR. Целью данной работы было провести сравнение опухолевых и нормальных тканей на уровне геномов, чтобы оценить вклад повторяющихся ретроэлементов в нестабильность и перестройки, происходящие при опухолевой прогрессии. Задачи работы: разработать метод позволяющий обнаруживать редкие геномные перестройки; провести сравнение опухолевого и нормального генома в местах интеграции HERV/LTR и идентифицировать обнаруженные различия. Был разработан метод, получивший название (Targeted Genomic Differ­ence Analysis, TGDA), который позволяет обнаруживать редкие геномные перестройки (1 на 10 клеток), включающий в себя 1) селективную амплификацию последовательностей, фланкирующих ретроэлемент и 2) вычитающую гибридизацию полученных последовательностей. Были получены следующие результаты: 1) Показали, что разработанный метод TGDA, позволяет находить ранее неизвестные геномные нарушения, встречающиеся с частотой до 0,1%. 2) Показано, что перестроек LTR семейства HERV-K, происходящих при переходе от нормальной клетки к раковой, не происходит. Если в исследуемой опухолевой ткани и происходят перестройки этих ретроэлементов, то с крайне низкой частотой (<1 на 10 клеток); 3) Мы впервые показали существование перестроенных локусов, содержащих LTR HERV-K, представленных в геноме не всех клеток (соматический мозаицизм) для герминогенной опухоли семиномы.

 

Леппик Л.П., Виноградова Т.В., Плешкан В.В., Свердлов Е.Д.

Институт Биоорганической Химии им. М.М.Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, Москва (Россия)