Вы здесь

Главная

Исследование димеризации РНК ретровирусов птиц

ID_Статьи: 
72.00

Все ретровирусы содержат две идентичные копии одноцепочечной геномной РНК в каждой вирусной частице. При межмолекулярном взаимодействии фрагментов геномной РНК ретровирусов птиц могут образовываться две структуры, участвующие в процессе димеризации РНК. Это шпилечный дуплекс (ШД), образованный двумя шпильками разных геномных молекул РНК и линейный дуплекс (ЛД), образованный двумя протяженными участками этих же молекул.

Целью работы было показать возможность димеризации выбранного фрагмента, а так же попытаться отличить эти две структуры для дальнейшего изучения кинетики перехода ШД в ЛД. Анализ РНК последовательностей 31 вируса птиц показал, что в 5'-участках РНК, ответственных за инициацию димеризации, содержится участок образования этих структур. Мы изучали фрагменты РНК из участка инициации димеризации вируса саркомы птиц, способные образовывать конкурирующие структуры: шпилечный и линейный дуплексы. Для проведения работы были синтезированы фрагменты РНК вируса саркомы птиц и мутантный фрагмент, измененный так, чтобы не образовывать структуру ШД. В экспериментах по подвижности исследуемых фрагментов РНК в геле были найдены условия образования ЛД, ШД и свободного мономера (шпильки). Кроме того, был использован метод поляризации флуоресценции для сравнения гидродинамических объемов данных образцов. Результаты свидетельствуют, что существует разница значений поляризации флуоресценции между ЛД, ШД и мономером.

 

Самохин А.Б.1, Вениаминов А.Д.2, Ульянов Н.Б.3, Минят Э.Е.2

1Московский физико-технический институт, Долгопрудный (Россия)

2Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской Академии наук, Москва (Россия)

3Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, Сан-Франциско (США)