Вы здесь

Главная

Характеристика различий генетических кодов

ID_Статьи: 
39.00

Диалекты генетических кодов описывают различные варианты реализации процесса биосинтеза бежа в живых организмах.

Задача работы: классифицировать различия диалектов на уровне кода кодон - аминокислота (и старт, стоп) с целью выявления закономерностей для допустимых изменений при построении кода биосинтеза.

Сравнивались функции кодонов в различных вариантах кодов из банка данных NCBI (National Center for Biotechnology Information, USA). Для представления и описания выделенных групп кодонов использовались специальные 3-х мерные графы, кодонограммы.

Выделены три группы переменных кодонов по типу различий функций между диалектами: замена соответствия аминокислоте на функцию стоп - кодона, тип 1; замена соответствующих кодону аминокислот, тип 2; определение кодона как стартового, тип 3. Есть кодоны, имеющие два типа различий: 1-2 - смена значения R/S/G/стоп для aga, agg; 1-3 -L/стоп/ (L+старт) для uua; 2-3 - L/(L+CTapT)/S/T для cug, 1/(1+старт)/(М+старт)/М для aua.

Часть переменных кодонов 1-го (uaa, uag, uga) и 2-го (cug) типов имеют по два варианта изменений. Причем один вариант встречается в группе диалектов, используемых в ядре эукариотических организмов, (стоп/Q, стоп/Q, стоп/С) и (L/ S) соответственно, другой вариант - из диалектов митохондрий (стоп/Y. стоп/L, стоп/W) и (L/T). Т.е. можно выделить два направления изменения значений одних и тех же кодонов.

Для каждого типа кодонов могут быть сформулированы ограничения на сочетания нуклеотидов в составе кодона.

Множества переменных кодонов 1,2,3 -го типа связны, т.е. любой кодон из группы может быть получен заменой 1 нуклеотида в другом кодоне с аналогичным изменением функции.

 

Виценко А.А., Эйнгорин М.Л.

Нижегородский Государственный Университет им. Н.И. Лобачевского, Нижний Новгород (Россия).