Вы здесь

Главная

Ген pol вирусов Phycodna viridae и генотипирование экотипов вируса в тройственной системе симбиоза

ID_Статьи: 
79.00

Вирусы рода Chlorovirus, сем. Phycodnaviridae, постоянно присутствуют в системе симбиоза: PBCV - Para­mecium bursaria-Chlorella-Vims и поражают только зоохлорелл, эндосимбионтов пресноводной инфузории Para­mecium bursaria. Они распространены в пресных водоемах Евразии, Америки, Австралии. По чувствительности к 32°С они подразделяются на два экотипа - «северный» и «южный», при этом северный экотип способен образовывать бляшки лизиса на газонах хозяйских штаммов зоохлорелл SAG 241-80, 04, Рbi, а южный - на иных штаммах: SAG 211-6, NC64A, N1A. Оба экотипа вирусов существенно различаются по составу ДНК, но сходны по структуре, т.к. у всех PBCV дсДНК линейна и имеет теломерные концы. Наша задача: анализ степени генетического родства вирусов PBCV. Оценка их генетического родства на основе данных УП-ПЦР, данная Литвиновым и Кареловым в 2000 г., выявила, что изученные изоляты «северных» вирусов из отдаленных друг от друга районов существенно различались по числу и размеру продуктов амплификации. Однако ПЦР-паттерны вирусных штаммов из одной и той же местности оказались сходными. Таким образом, УП-ПЦР метод может применяться для генотипирования локальных популяций вирусов зоохлорелл, но для оценки генетического родства в пределах семейства необходимы методики, основанные на анализе других, более консервативных участков генома. Мы выбрали признак вариабельности последовательности нуклеотидов гена pol, ДНК-полимеразы вируса, что позволило определить степень генетического родства вирусов с использованием данных для модельных вирусов. Нуклеотидные последовательности гена pol исследованных вирусов демонстрировали высокую степень генетического сходства со стандартными модельными штаммами, подтверждая тем самым принадлежность вирусов к ранее определенным экотипам.

 

Фирсов М.А., Карелов Д.В.1, Квитко К.В.

Кафедра микробиологии СПбГУ, Санкт-Петербург (Россия)

Санкт-Петербургский институт ядерной физики РАН, Санкт-Петербург (Россия)