Вы здесь

Главная

Анализ in silico последовательностей генома человека, прилегающих к сайтам интеграции HPV16

ID_Статьи: 
67.00

Вирус папилломы человека (HPV) играет ключевую роль при развитии рака шейки матки, в связи с чем изучение взаимодействий клеточного и вирусного геномов представляет немалый интерес, как для прикладной, так и для теорети­ческой науки.

В данной работе проведен in silico анализ клеточных последовательностей, прилегающих к сайтам интеграции HPV16. Из 13 сайтов интеграции (марке­ры Int) один имеет гомологию с ранее описанным геном (WAS). Два маркера гомологичны мРНК известных генов, три - кДНК, подобной известным генам, два - мРНК для гипотетических белков, и четыре маркера не имеют гомологии с мРНК или кДНК. Один маркер, гомологичный кДНК человека; подобной гену рибосомального белка S27a (RPS27), имеет множественную локализацию в ге­номе человека. Для последовательностей трех известных генов определено, что вирус встраивается в экзоны. Для последовательностей пяти не описанных ранее генов с помощью программ GENSCAN и PromoterScan построена экзон-интронная структура и найдены необходимые для работы гена регуляторные элементы. Методом поиска гомологии и построением карт локального сход­ства определена предположительная функция для двух гипотетических белков. Проанализированы геномные последовательности, прилегающие к четырем маркерам, не имеющим гомологии с мРНК или кДНК: для двух маркеров пока­зано наличие генов в непосредственной близости от них, для двух других -показано наличие гомологии с последовательностями интронов гипотетичес­ких генов.

Таким образом, во всех рассмотренных нами случаях вирус встраивается в последовательности активно транскрибируемых генов или в непосредствен­ной близости от них, т.е. в декомпактизированные последовательности генома, что, по-видимому, облегчает интеграцию вируса в геном человека.

 

Климов Е.А., Рахманалиев Э.Р.

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Москва