Вы здесь

Главная

Анализ последовательности белка ОРТ2 элемента L1 человека

ID_Статьи: 
26.00

Элементы LI (LINE-1, LIHs) относят к классу ретротранспозонов не содержащих длинные концевые повторы, который составляет 15% генома человека. Интеграция элемента L1 геном обеспечивается активностями белка ОРТ2 через РНК-посредник. Анализа аминокислотной последовательности ОРТ2 LIHs и определение ферментативных активностей белка ОРТ2 in vitro позволит реконструировать истинную доменную организацию белка ОРТ2 LIHs и моделировать этапы ретротранспозиции.

При поиске участков гомологии белковых последовательностей использовали программу BLAST и базы данных GenBank, EMBL, с последующим выравниванием белковых последовательностей на основании идентифицированных консервативных мотивов при помощи программы PCgene.

Полноразмерный белок ОРТ2 L1Hs был экспрессирован в бакуловирусной системе и вычищен до гомогенного состояния. Исследование ферментативных активностей полученного препарата проводили по стандартным методикам.

Последовательность ОРТ2 L1Hs кодирует белок состоящий из 1275 аминокислот и молекулярной массой -148,9 кДа. Детальный компьютерный анализ белка ОРТ2 L1Hs показал наличие нескольких консервативных доменов: эндонуклеазы и обратной транскриптазы, цинк-связывающий мотив. В экспериментах in vitro изучали активности белка ОРТ2 L1Hs: эндонуклеазы, обратной транскриптазы и РНКазы Н. Результаты компьютерного анализа согласуются с экспериментально полученными данными.

 

Пискарева О.А., Шматченко В.В.

ВНТК мобильных генетических элементов, Институт Биохимии и Физиологии Микроорганизмов РАН, г. Пущино, Россия.