Вы здесь

Главная

Анализ филогении р-спирального домена тирозил-тРНК синтетаз эукариотического типа

ID_Статьи: 
12.00

Проведен компьютерный анализ филогении более 25 р-спиральных доме­нов (bСД) тирозил-тРНК синтетаз (TyrRS) из организмов эукариотического типа, относящихся к животным, растениям, грибам, простейшим, а также к архе-бактериям. Эукариотическая TyrRS состоит из NН2-концевого нуклеотид-связы-вающего домена (свертки Россмана), р-спирального домена и С-концевого цито-кин-подобного модуля. bСД TyrRS быка расположен в средней части TyrRS (остатки 237-360, длина 124 а.о.), и его вероятная функция состоит в узнавании антикодоновой ветви тРНК. Аминокислотные последовательности bСД полу­чены поиском по гомологии к bСД TyrRS быка (Bos taurus) в базе данных NR сервера NCBI и по ряду геномных проектов. Для данного домена не найдено гомологии с р-спиральными доменами TyrRS прокариотического типа (эубакте-рий и митохондрий). Интересно отменить, что АК-последовательность TyrRS простейшего Leischmania major содержит два района, гомологичных bСД. Для множественного выравнивания найденных последовательностей bСД исполь­зовали программу Clustal X (матрица РАМ Gonnet 120). При анализе выравни­вания обнаружено 9 консервативных позиций, а также вариабельная петля дли­ной 5-14 а.о. (270-276 а.о. bСД TyrRS быка). Сопоставление bСД эукариот и архебактерий позволяет выделить внутренние границы «корового» bСД (остат­ки E239-R325). Матрицу расстояний получили с использованием метода Джон-са-Тейлора-Торнтона (программа Protdist пакета Phylip).Анализ филогении проводили методами максимальной парсимонии, максимального правдоподобия, ближайшего соседа и среднеквадратического метода Фитч-Марголиаш, реализо­ванных в программах Protpars, Protml, Neighbour и Fitch пакета Phylip: Для топологии пяти полученных дендрограмм наблюдается стабильная (что под­тверждено статистическим бутстрэп-анализом) группировка bСД животных и грибов в одной ветви, а растений и архебактерий (особенно рода Halobacterium, тип Euryarchaeota) - в другой. На основании полученных данных предполага­ется, что bСД TyrRS эукариот и архебактерий негомологичны b-спиральным доменам TyrRS прокариот и являются более поздним эволюционным приобре­тением относительно свертки Россмана.

 

Бабошин И.И., Одынец К.А., Корнелюк А.И.

Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев (Украина)