Вы здесь

Главная

Анализ белково-нуклеиновых контактов в трехмерных структурах комплексов фактора транскрипции NF-kB с ДНК

ID_Статьи: 
65.00

В последнее время все большую актуальность приобретает развитие метода ингибирования активности фактора транскрипции NF-kB, заключающегося в том, что олигонуклеотидные дуплексы, содержащие природные или модифицированные kB-участки, используются как «ловушки» белка. Они связывают NF-kB, не позволяя ему участвовать в клеточных процессах.

На основании данных рентгеноструктурного анализа для 11 трехмерных ДНК-белковых структур был проведен полный сравнительный анализ всех возможных контактов фактора транскрипции NF-kB с ДНК. Были выделены достаточно консервативные контакты ДНК-белок, не зависящие от субъединичного состава белка и нуклеотидной последовательности кВ участка, и построены соответствующие модели. Была продемонстрирована их корреляция с экспериментальными данными по ковалентному связыванию гомодимера р50 NF-kB с ДНК-дуплексами, содержащими химически активные группировки (2'-альдегидные, 2'-йодацетамидные, межнуклеотидные фосфорилдисульфидные и тризамещенные пирофосфатные), взаимодействующие с остатками лизина и цистеина белков.

Таким образом, предложенные обобщенные модели можно использовать для создания новых конструкций синтетических ДНК-дуплексов, обладающих свойством эффективно связываться с белками семейства NF-kB за счет образования ковалентной связи между модифицированным элементом, введенным в определенное положение кВ участка ДНК и различными пространственно сближенными аминокислотными остатками белка.

 

Романенков А.С.1., Устюгов А.А.2, Тимченко М.А., Зацепин Т.С.

1Химический факультет и

2Факультет биоинженерии и биоинформатики Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, Москва (Россия)